除了正常合伙企业经营收入之外，合伙人还可能取得各类特殊类型收入，典型的如下：
1、合伙企业对外投资的股权转让收入
合伙企业对外投资创业企业，未来再将这部分股权转让所取得的溢价收入，分配到个人合伙人后如何缴税一直以来是有争议的。
正常情况下肯定要按照经营所得缴税，即5%——35%税率，但各地为了鼓励股权投资基金，此前纷纷出台了一系列地方政策对股权转让所得的个人所得税按照“财产转让所得”适用20%的比例税率计税。2019年国税总局发布《财政部税务总局发展改革委证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》(财税〔2019〕8号)文件，对于股权转让收入如何缴税做了明确：
——创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。
——创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。
——创投企业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目、5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。
但有一点需要注意，这里对于创投基金是有要求的，必须是是指符合《创业投资企业管理暂行办法》(发展改革委等10部门令第39号)或者《私募投资基金监督管理暂行办法》(证监会令第105号)关于创业投资企业(基金)的有关规定，并按照上述规定完成备案且规范运作的合伙制创业投资企业(基金)。如果是未经备案的创业投资基金，不能享受此政策。
当然，如果是公司合伙人，取得该部分收入一样按照25%税率计算缴纳企业所得税，没有什么争议。
2、合伙企业对外投资分回的股息红利所得
按照《国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知》(国税函[2001]84号)文件规定：
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
这里出现了一个新问题，如果是公司合伙人，分得的股息红利能否适用企业所得税免税收入政策呢?我个人认为既然单独理解为股息红利收入，也应适用于所得税免税收入政策。
3、合伙企业合伙人转让投资份额收入
合伙企业合伙人投资份额虽然不是有限公司股权，但依然可能进行转让，而且可能取得转让溢价，这时应该按经营所得缴纳5%—35%个税，还是按照20%财产转让收入?一直以来也是争议不断。
在最新发布的个税法实施条例中，终于明确了投资份额应按照财产转让收入，而非经营所得收入。
第六条 个人所得税法规定的各项个人所得的范围：
(八)财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
因此合伙企业个人合伙人转让投资份额收入，应该按财产转让所得20%适用税率计算缴纳个人所得税，当然，如果是公司合伙人，应按照25%税率计算缴纳企业所得税。
实务︱“单一投资基金核算与年度所得整体核算”纳税申报的几个疑难问题
原创蒋玉芳
“单一投资基金核算与年度所得整体核算”
纳税申报的几个疑难问题
文/蒋玉芳
财政部税务总局发展改革委证监会联合发布《关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号）规定，创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。通知已执行三年，因为创业投资企业涉及业务的多样性，以及个税计算方式的复杂，实务中，纳税申报往往存在一些问题。笔者收集了几个典型的疑难问题，分享在此，供财税朋友学习交流：
一、创业投资企业选择按单一投资基金核算且完成备案后，纳税人在自然人电子税务局（ITS）扣缴客户端，无法再完成经营所得个税按期纳税申报。
创投企业选择按单一投资基金核算方式的，其个人合伙人取得来源于创投企业的所得是否需要按季度申报“经营所得”？
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发布时间:2019-07-23
【打印文本】
创投企业个人合伙人纳税人在自然人税收管理系统扣缴客户端申报生产经营所得时提示：被投资单位已备案单一基金核算方式，不能申报经营所得，无法申报个人所得税生产经营所得。
《财政部 税务总局 发展改革委 证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号）规定，创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。按现有业务规则，对于选择单一投资基金核算方法核算的合伙企业，个人合伙人无需按季办理“经营所得”申报。
https://shenzhen.chinatax.gov.cn/nsrxt/article/893
深圳市税务局答复（如确实做过此答复）：《财政部税务总局发展改革委证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号）规定，创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，对其个人合伙人来源于创投企业的所得计算个人所得税应纳税额。按现有业务规则，对于选择单一投资基金核算方式的合伙企业，个人合伙人无需按季办理“经营所得”申报。
这个答复是否解决了纳税人的问题？
没有。
一是，个人合伙人从该创投企业（基金）应分得的所得，可能还包括除“股权转让所得和股息红利所得”之外的经营所得。该经营所得的纳税义务人与法定申报主体均是个人合伙人。
二是，（1）个人合伙人从创投企业（基金）应分得的股息红利所得，按照20%税率由创投企业按次代扣代缴个人所得税，并报送《分类所得个人所得税代扣代缴申报表》。（2）个人合伙人从创投企业（基金）应分得的股权转让所得，由该创投企业（基金）作为扣缴义务人，在次年3月31日前代扣代缴个人所得税，并报送《分类所得个人所得税代扣代缴申报表》。
如符合《财政部税务总局关于创业投资企业和天使投资个人有关税收政策的通知》（财税〔2018〕55号）规定条件的，创投企业个人合伙人可以按照被转让项目对应投资额的70%抵扣其应从基金年度股权转让所得中分得的份额后再计算其应纳税额，当期不足抵扣的，不得向以后年度结转。
而个人合伙人从该创投企业（基金）应分得的、除“股权转让所得和股息红利所得”之外的经营所得，税法规定，应该按期进行纳税申报。
但目前，在自然人电子税务局（ITS），创投企业（符合规定、完成备案并规范运作）选择按单一投资基金核算且完成备案后，则纳税人在自然人电子税务局（ITS）扣缴客户端，无法操作以按期完成经营所得个税的纳税申报。
这就是该基金会计咨询12366的缘由。但税务机关答复:按照现有规则，个人合伙人无需按季办理"经营所得”申报。
意思选择单一投资基金核算的企业还有经营所得的，纳税人不用按期（季或者月）申报这部分经营所得个税？那啥时候申报？在什么路径申报？有无未按期申报的责任？
所以，自然人电子税务局（ITS）的升级和完善迫在眉睫。
事实上，某些地区，对这部分经营所得，安排纳税人在自然人电子税务局（ITS）的【其他个人经营所得申报】模块完成个人所得税的纳税申报。
但这样的申报不是在正常渠道【经营所得个人所得税月(季)度申报(ＩＴＳ)】的纳税申报，留有很多问题。
二、创业投资企业选择单一投资基金核算的，如果三年后再换成年度所得整体核算了，涉及的企业亏损如何弥补？
这是一位基层税务同行来交流的问题（后面问题同来源）。
笔者分为两种情况：
一是2019年1月1日前，原来整体核算时的亏损，在2022年1月1日后换成年度所得整体核算了，可不可以弥补？弥补年限如何计算（如图示1）？
根据财税〔2000〕91号附件1《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第十四条规定，企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度所得不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
因此，笔者理解，企业亏损的弥补年限，按照目前政策，应该连续计算。原来（比如2019年度以前）整体核算时的亏损，在2022年1月1日后又换成年度所得整体核算时，应该可以弥补，只是弥补年限应该符合规定。
二是2019年1月1日至2021年12月31日，创业投资企业选择单一投资基金核算期间，创业投资企业核算的除“股权转让所得和股息红利所得”之外的经营所得部分，如果发生亏损，此亏损是否可以在2022年及以后年度弥补？
同理，笔者认为也可以弥补。
但是，按照深圳税务的回答，个人合伙人无需按季办理"经营所得”申报。那么，不申报后续怎么弥补？
即使按照某些省市税务局安排，纳税人在自然人电子税务局（ITS）的【其他个人经营所得申报】模块完成按期申报，那么，汇算清缴呢？遗留问题也不少。
三、套层的合伙企业，如何进行税务处理？
如下图：合伙企业B作为合伙企业A的合伙人，A符合单一投资基金核算条件，那合伙企业B如何处理？张三呢？
根据财税〔2019〕8号的规定，创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。
而单一投资基金核算，是指单一投资基金（包括不以基金名义设立的创投企业）在一个纳税年度内从不同创业投资项目取得的股权转让所得和股息红利所得按下述方法分别核算纳税。
所以，合伙企业A符合规定且选择了按照单一投资基金核算。那么，其个人合伙人李四从合伙企业A应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税。
合伙企业B，即使符合创投企业条件且完成备案并规范运作，但是合伙企业B投资合伙企业A的投资业务中，合伙企业B持有的是合伙企业A的财产份额，不是股权。所以，合伙企业B不能适用财税〔2019〕8号文。
因此，合伙企业B从合伙企业A取得的经营所得和其他所得，合并到合伙企业B，按照财税[2008]159号、国税函[2001]84号的规定执行即可。
四、多层合伙架构，上一层的经营所得如何计入本层合伙企业的经营所得？
如下图：有限合伙企业（基金1）是有限合伙企业（基金2）的合伙人，有限合伙企业（基金1）从有限合伙企业（基金2）应分得的经营所得如何计入有限合伙企业（基金1）？
这个问题放在以前可能比较复杂，因为涉及所得税的多种征收方式。
但财政部税务总局公告2021年第41号发布以后，问题简单了，根据41号公告的规定，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业（以下简称独资合伙企业），自2022年1月1日起，一律适用查账征收方式计征个人所得税。那么，有限合伙企业（基金1）持有有限合伙企业（基金2）的财产份额，有限合伙企业（基金2）持有项目1（或者项目2等公司）的股权（或股票），都实行查账征收，所以有限合伙企业（基金1）从有限合伙企业（基金2）取得的经营所得和其他所得，合并到有限合伙企业（基金1）所得一起，按照财税[2008]159号、国税函[2001]84号的规定执行即可。
这里有个细节，从有限合伙企业（基金2）取得的所得，是否可以弥补有限合伙企业（基金1）的亏损？
同样，财税〔2000〕91号附件1《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第十四条第一款规定，企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度所得不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
第二款规定，投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。
也就是说，有限合伙企业（基金1）从有限合伙企业（基金2）应分得的所得，能否弥补自己的亏损？法律没有明文规定。何况，有限合伙企业（基金1）从有限合伙企业（基金2）取得的经营所得，需要合并到有限合伙企业（基金1），然后按照先分后税的原则，由合伙人缴纳所得税。