作为创新的基金品种，与传统的开放式基金一样，指数股一般由基金管理公司以公募的形式管理，在每个交易日需要根据基金所持资产净值进行估值。但与开放式基金相比，指数股又具有比较显著的特点。
交易模式不同。
指数股的基金份额可以在证券交易所的二级市场进行交易，份额持有人之间所形成的买卖价格只要根据市场供需情况和交易所的交易制度确定，是已知价交易。
一般开放式基金只能在一级市场进行申购赎回，而且是采用现金方式进行。基金管理公司每日估算申购赎回的价格，并由基金托管人核实基金份额净值，是未知价交易。
申购赎回机制不同。
一般开放式基金只能以现金形式
进行申购赎回，而大多数指数股的申购赎回是采用组合证券的形式进行。由于指数股存在特殊的实物申赎机制，所以投资者能够在二级市场的交易价格和基金份额净值之间存在差价时进行套利交易。
交易费用不同。
与一般开放式基金相比，指数股的交易费用相对低廉。一般的开放式指数基金申购时需支付1%—1.5%的手续费，赎回时需支付0.5%左右的手续，而指数股买卖的手续费不超过0.3%，除了在二级市场买卖需要支付少量佣金外，无印花税，并且进行申赎的费用也较低。
透明度不同。
指数股根据标的指数来构建投资组合，其资产中所持有股票成分、权重情况在每日申赎清单中都被充分地披露，日间也实时公布份额净值。因此，投资者可以清楚地了解指数股所包含的一篮子股票的构成。然而，一般开放式基金不需要每天做有关基金资产组合的信息披露，只需一个季度或者半年披露一次，其投资组合的透明程度远远不如指数股高。
资金使用效率不同。
大多数指数股能够在一、二级市场之间实现“T+0”交易，投资者在一级市场申购获得的份额可以当天在二级市场卖出，赎回份额的资金当日可用，次日可取，资金使用效率更高。而一般的开放式基金，投资申购份额通常T+2日后到账，赎回份额资金则需要至少3日才可以到账，资金使用效率较低。