首先需要明白净价、全价以及应计利息这些基本的债券概念。
全价=净价+应计利息
债券市场一般使用净价来标价与交易，使用全价来交割结算。也就是说，真正表现一个债券涨跌的是净价，这个东西跟股票市场里的价格相对应。全价则是净价之上引申出来的概念，而基金净值恰恰是按照全价来估算。
当一个债券基金所持有的债券在一天内，净价下跌超过当日的应计利息，就会出现净值亏损。这里引入一个概念，叫“票息保护”。假设我们的债券基金只买了一个城投债，而这个城投债的票面利率是7.3%，也就是说，当净价不变时，这个债券基金每天会增值7.3%/365=0.02%(全价增加)。假设当天市场上有许多人抛售这个债券，导致其净价下跌0.02%，那么今天收盘时城投债的全价就会等于昨天的全价，表现为基金净值没有变化，我们就把这种特性叫做“票息保护”。往下推理，如果基金净值下跌了0.01%，那实际上城投债的净价下跌了0.03%。
至于净价为什么会下跌?因为有人抛:)。债券跟股票在某些方面有共性：价格都是由供需面决定，定价都受到宏观经济基本面的影响。区别在于，如果没有违约，那么在约定的期限到来时(债券到期)，债券价格总会等于100元(这里讲的是净价)。你之所以很少看到债券基金跌成股票基金一样，那是因为债券的波动性远远小于股票。除了垃圾债(极少有基金去买，在整个中国债券市场中的占比也不超过0.01%，例如：楼上说的超日债)以外，普通债券价格的日内波动不会超过0.5%，超过1%的更是少之又少，而且额外还能累积利息收入。所以学术上认为，债券相对股票是低风险的投资品，但并不代表债券无风险。
除了垃圾债之外，还有一种奇葩的东西叫可转债，这种特殊的债券具有股票的属性。它的价格波动与债券的相似度低，与股票的相似度反而更高。短期内债券基金净值大幅波动的话，一般都是因为大量持有了可转债。个中原由，这里就不详细说了。