政府性基金如何核算、财政部门如何拨款、企业如何申报等问题，都需要政府相关部门进行解答。这样一来，就有可能出现一些不规范的地方，甚至是违法违规的的情况。比如，有的地方为了鼓励民营企业发展，在税收优惠方面做了很多工作，但是，一些地方却对民营企业的发展设置了很多障碍，导致民营营企业难以发展壮大。这样的现象值得引起重视。
一：政府性基金预算
政府性基金纳入预算管理后，应按《中华人民共和国国库条例》办理收入缴库。各项纳入预算管理的政府性基金除农村教育费附加由税务或财政部门负责征收管理外，其余各项基金由财政部驻各地专员办事机构同级财政部门或经同级财政部门委托的部门负责征收管理。为做好收入的征收管理工作，原则上仍按现行管理办法收缴，即原由财政部驻各地专员办事机构就地监缴的中央基金预算收入仍由专员办监缴入库，原由中央主管部门集中收缴的基金，仍由中央主管部门征收，并根据基金收缴情况每月分次办理缴库。原由地方部门收缴的基金，仍由地方收缴。缴库时应按基金所属预算级次分别缴入中央国库或地方国库，即属于中央基金预算收入的全部缴入中央总金库，属于地方基金预算收入的全部缴入地方金库，属于中央与地方共享的基金预算收入由地方收款部门按规定的比例分别将留归地方的收入缴入地方金库，属于中央收入的部分，汇解中央主管部门集中缴库。对于规定缴纳税款的基金收入，在扣除应缴税款后办理缴库。为加强基金收入缴库的管理，防止出现混库，各中央主管部门与地方收款部门或单位之间应建立健全基金收入上划和缴库对帐制度，特别是要严密共享收入汇解的对帐。
基层收款单位及主管部门对应缴国库的基金收入应严格管理，并应在国家银行开立待缴款专户，将每日收取的收入全部送存专户。任何单位、部门不得将应缴专户的资金转为储蓄存款或混入本单位的经费存款帐户。专户的资金应在规定的期限内清缴，不得坐支、截留。
基金收入的缴库一律使用“一般缴款书”。缴款书所列各项内容必须填列完整、正确。其中：缴入中央金库的，填写方法如下：“财政机关”栏填写“财政部”，“预算级次”栏填写“中央级”；“预算科目”栏按财政部制发的“基金预算收入科目”填写。缴入地方国库的按相应的财政机关、预算级次和财政部制发的“基金预算收入科目”填写。